自動化專業(yè)是以控制科學與控制工程、電氣工程、信息工程、系統(tǒng)工程理論為基礎，以電工技術、電子技術、計算機技術為主要手段，以“厚基礎、寬培養(yǎng)、重能力”為特色的寬口徑綜合自動化專業(yè)，2005年成為江蘇省首批品牌專業(yè)。
2007年被評為首批國家級第一類特色專業(yè)建設點，2008年經(jīng)教育部批準建設研究型大學控制類工程師培養(yǎng)創(chuàng)新實驗區(qū)，2010年經(jīng)教育部批準列入第一批卓越工程師教育培養(yǎng)計劃，2011年入選江蘇高校優(yōu)勢學科建設工程一期項目。
自動化專業(yè)培養(yǎng)注重素質教育，要求學生具有深厚的自動化和電子與信息理論基礎，具有很強的基于計算機軟硬件的綜合自動化系統(tǒng)分析、設計與應用能力。
主要技術基礎課和專業(yè)課有：電路分析、信號與系統(tǒng)、電子電路、計算機結構與邏輯設計、微機系統(tǒng)與接口、信息通信網(wǎng)絡、自動控制原理、電力拖動與運動控制、自動檢測技術、電力電子技術、運籌學、系統(tǒng)辨識、數(shù)字信號處理、數(shù)字圖像處理、模式識別、計算機軟件基礎、計算機控制技術、過程控制、智能控制等。
自動化專業(yè)設有控制理論與控制工程、模式識別與智能系統(tǒng)、檢測技術與自動化裝置三個學科方向，主要培養(yǎng)從事自動化研究與應用領域高素質綜合自動化專業(yè)人才。